통계는 ΔCt, ΔΔCt, 2^-ΔΔCt 중 어떤 값으로 하나요?

통상 ΔCt 또는 −ΔΔCt(log 공간) 값으로 수행하며, fold change(2^-ΔΔCt)는 분포가 비대칭이라 통계에 바로 쓰지 않습니다. 이 도구는 사용한 값을 결과와 로그에 표기하고, 통계는 생물학적 replicate에서만 유효합니다(기술적 replicate만 있으면 p-value를 산출하지 않습니다).

이상치 replicate는 자동으로 제외되나요?

아니요. flag-only 정책으로 SD·range·NTC 등을 플래그만 하고 자동 삭제하지 않습니다. 제외는 사용자가 사유·시각·임계값과 함께 명시적으로 선택하며, 원자료는 절대 삭제되지 않아 감사(audit)에 대응할 수 있습니다.

Livak과 Pfaffl 중 무엇을 써야 하나요?

프라이머 효율이 90–110%로 유사하면 Livak(2^-ΔΔCt)로 충분하지만, 타겟과 참조의 효율 차이가 크면 Pfaffl(효율 보정)이 더 정확합니다. 두 값을 나란히 보여주고, 차이가 크면(효율 gap) 경고를 표시합니다.

Undetermined(미검출) Ct는 어떻게 처리되나요?

미검출/Undetermined/>40/미검출 등은 결측(missing)으로 처리되어 평균에서 제외되고 개수만 기록됩니다. 0이나 max-cycle 값으로 강제 대체하지 않습니다(그렇게 하면 평균이 왜곡됩니다).

참조유전자가 여러 개일 때는 어떻게 정규화하나요?

현재 버전(MVP)은 단일 참조유전자를 사용합니다. 다중 참조는 향후 산술평균(arithmetic mean) 방식으로 지원되며, MIQE가 권장하는 기하평균은 그 다음 단계입니다. 다중 참조 사용 시 방법이 결과에 영향을 준다는 안내가 함께 표시됩니다.

대조군(control) 없이 ΔΔCt를 계산할 수 있나요?

ΔΔCt는 대조군(calibrator)을 기준으로 하므로 대조군 지정이 필요합니다. 지정 전에는 복제 요약과 ΔCt까지만 계산되며, 대조군 replicate가 3개 미만이면 기준선 불확실성 경고(CONTROL_N_LOW)가 표시됩니다.

분자생물학

ΔΔCt 계산기

Delta-Delta Ct Calculator

Ct/Cq 데이터를 붙여넣으면 ΔCt·ΔΔCt·2^(-ΔΔCt) fold change와 복제 QC를 계산하고, Livak과 Pfaffl(효율 보정)을 나란히 보여줍니다. 이상치는 사유를 기록해 명시적으로 제외하며, 모든 공식과 제외값을 담은 재현 가능한 기록을 서버 전송 없이 브라우저에서 내보냅니다.

분자생물학

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Ct 데이터 붙여넣기

— 연구용(RUO) · 브라우저에서만 계산 · 서버 전송 없음

소개

ΔΔCt 계산기는 qPCR의 Ct/Cq 데이터를 붙여넣거나 CSV로 올리면 열(Ct·샘플·그룹·유전자)을 자동 인식해 복제 요약(mean·SD·CV%)과 QC 플래그를 계산하고, ΔCt → ΔΔCt → 2^(-ΔΔCt) fold change와 log2 FC를 산출합니다. Livak(2^-ΔΔCt)과 Pfaffl(효율 보정)을 나란히 제시해 효율 보정이 필요한지 판단할 수 있으며, 이상치 replicate는 사유를 기록해 명시적으로 제외하고 원자료(raw)는 삭제하지 않습니다. 모든 결과에 공식이 표기되고 제외값이 남는 재현 가능한(MIQE 지향) 기록을 CSV·JSON으로 내보냅니다. 계산은 브라우저에서만 수행되며 서버로 전송되지 않습니다.

ΔCt = Ct(target) − Ct(reference) · ΔΔCt = ΔCt(sample) − mean ΔCt(control) · fold change = 2^(−ΔΔCt) · log2 FC = −ΔΔCt

미검출(Undetermined) Ct는 평균에서 제외되며 0이나 max-cycle로 대체되지 않습니다. 해석은 계산 수준이며 통계 검정 없이는 생물학적 의미를 단정하지 않습니다. 모든 계산은 전체 정밀도(float64)로 수행됩니다.

예시

대조군 대비 fold change·Control ΔCt 5.0 (Ct target 25.0 − ref 20.0) · Treated ΔCt 2.0 → ΔΔCt −3.0 · fold change 8.0 · log2 FC 3.0 (증가 쪽)
미검출(Undetermined) 처리·복제 3개 중 1개가 Undetermined → 해당 값은 평균에서 제외, 0으로 대체하지 않음 · non-detected로 표기
대조군 기준선·control 그룹 행 → ΔΔCt 0 · fold change 1.0 · 변화 없음

자주 묻는 질문

통계는 ΔCt, ΔΔCt, 2^-ΔΔCt 중 어떤 값으로 하나요?: 통상 ΔCt 또는 −ΔΔCt(log 공간) 값으로 수행하며, fold change(2^-ΔΔCt)는 분포가 비대칭이라 통계에 바로 쓰지 않습니다. 이 도구는 사용한 값을 결과와 로그에 표기하고, 통계는 생물학적 replicate에서만 유효합니다(기술적 replicate만 있으면 p-value를 산출하지 않습니다).
이상치 replicate는 자동으로 제외되나요?: 아니요. flag-only 정책으로 SD·range·NTC 등을 플래그만 하고 자동 삭제하지 않습니다. 제외는 사용자가 사유·시각·임계값과 함께 명시적으로 선택하며, 원자료는 절대 삭제되지 않아 감사(audit)에 대응할 수 있습니다.
Livak과 Pfaffl 중 무엇을 써야 하나요?: 프라이머 효율이 90–110%로 유사하면 Livak(2^-ΔΔCt)로 충분하지만, 타겟과 참조의 효율 차이가 크면 Pfaffl(효율 보정)이 더 정확합니다. 두 값을 나란히 보여주고, 차이가 크면(효율 gap) 경고를 표시합니다.
Undetermined(미검출) Ct는 어떻게 처리되나요?: 미검출/Undetermined/>40/미검출 등은 결측(missing)으로 처리되어 평균에서 제외되고 개수만 기록됩니다. 0이나 max-cycle 값으로 강제 대체하지 않습니다(그렇게 하면 평균이 왜곡됩니다).
참조유전자가 여러 개일 때는 어떻게 정규화하나요?: 현재 버전(MVP)은 단일 참조유전자를 사용합니다. 다중 참조는 향후 산술평균(arithmetic mean) 방식으로 지원되며, MIQE가 권장하는 기하평균은 그 다음 단계입니다. 다중 참조 사용 시 방법이 결과에 영향을 준다는 안내가 함께 표시됩니다.
대조군(control) 없이 ΔΔCt를 계산할 수 있나요?: ΔΔCt는 대조군(calibrator)을 기준으로 하므로 대조군 지정이 필요합니다. 지정 전에는 복제 요약과 ΔCt까지만 계산되며, 대조군 replicate가 3개 미만이면 기준선 불확실성 경고(CONTROL_N_LOW)가 표시됩니다.

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