서열 분석
GC 함량 계산기
GC Content Calculator
서열의 GC 함량(%)·염기 조성·길이를 계산하고 PCR 관점의 해석을 제공합니다. IUPAC 모호 염기는 기본적으로 분모에서 제외합니다.
타입
이 서열은 저장되지 않아요. 모든 계산은 브라우저에서 실행되며 서버로 전송되지 않습니다.
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소개
GC 함량 계산기는 서열의 (G+C) 비율과 염기 조성·길이를 계산하고, PCR 관점의 해석을 함께 제공합니다. GC 함량은 프라이머의 Tm, 어닐링 온도, 2차 구조 형성에 직접 영향을 주므로 실험 설계 전 확인이 중요합니다. 이 도구는 기본적으로 N을 비롯한 모호(IUPAC) 염기를 분모에서 제외하고 확실한 GC 상태의 염기만으로 계산하며, 필요하면 모호 염기를 분수 가중으로 포함하는 모드도 제공합니다. 계산은 브라우저에서만 수행됩니다.
GC% = (G + C + S) / (확실한 GC 상태 염기) × 100기본은 N/모호 염기 제외. RNA의 U는 A/T와 동일하게 non-GC로 취급합니다.
예시
- 기본·ATGC → GC 50.0%
- N 제외·ATGCN → GC 50.0% (N은 분모 제외)
- 높은 GC·GGGGGGCC → GC 100%, PCR 어닐링·2차 구조 주의
자주 묻는 질문
- N은 GC% 계산에 어떻게 반영되나요?
- 기본값에서는 N과 모호 염기를 분모에서 제외합니다. '모호 염기 포함' 옵션을 켜면 각 코드의 GC 확률로 분수 가중해 계산합니다.
- GC 함량이 높으면 왜 문제인가요?
- GC가 높으면 Tm이 올라가고 2차 구조가 잘 생겨 PCR 어닐링·증폭이 어려워질 수 있습니다(>60% 주의). 반대로 낮으면(<40%) 미스프라이밍·낮은 Tm이 문제입니다.
- 특정 구간의 GC만 볼 수 있나요?
- Summary 탭에서 시작–끝 범위를 지정하면 해당 구간의 하위 요약을 계산합니다(슬라이딩 윈도우는 추후 지원).